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細菌のタイピング
感染症のアウトブレイク研究のための高速で低価格なシーケンシング
Ion Torrent システムは、感染症のアウトブレイク研究に必要な極めて高い感度とスケーラビリティ、そして迅速なターンアラウンド時間を提供します。
Ion GeneStudio S5 システムのための細菌タイピングワークフロー
低価格なgDNAやアンプリコンライブラリの調製が、Ion Plus Fragment Library Kit または Ion Xpress Plus Fragment Library Kitにより、わずか 2 時間で実施できます。
- Ion Chef 装置は、シンプルで完全自動化されたハイスループットなテンプレート調製を、わずか数分のハンズオン時間で実施可能です。
- OneTouch 2 システムは、最大 500 bp のシーケンスランが可能な、半自動テンプレート調製ソリューションです。
Ion GeneStudio S5 システムは、Ion 520 チップまたは Ion 530 チップのどちらにおいても、400 または 200 bp のシーケンシングを、それぞれわずか 4 時間または 2.5 時間という迅速さで実施可能です。
Torrent Suite ソフトウェアを使用して一次データ解析が行われます。
低価格なgDNAやアンプリコンライブラリの調製が、Ion Plus Fragment Library Kit または Ion Xpress Plus Fragment Library Kitにより、わずか 2 時間で実施できます。
- Ion Chef 装置は、シンプルで完全自動化されたハイスループットなテンプレート調製を、わずか数分のハンズオン時間で実施可能です。
- OneTouch 2 システムは、最大 500 bp のシーケンスランが可能な、半自動テンプレート調製ソリューションです。
Ion GeneStudio S5 システムは、Ion 520 チップまたは Ion 530 チップのどちらにおいても、400 または 200 bp のシーケンシングを、それぞれわずか 4 時間または 2.5 時間という迅速さで実施可能です。
Torrent Suite ソフトウェアを使用して一次データ解析が行われます。
アプリケーションノートおよび出版物
アプリケーションノートや査読論文を読み、Ion Torrent シーケンシングシステムが、細菌やウイルスのタイピング研究にどのように使用されているかを知ってください。
データセット
Ion PGM™ システムで得られたデータセットをダウンロードし、お客様自身で結果をご覧ください。
インフォマティクスソリューション
お客様の生物学的新知見をいち早く見出すための、細菌同定インフォマティクスソリューションについて学んでください。
細菌のタイピング研究におけるインフォマティクスソリューション
Torrent Suite ソフトウェア は、シーケンス生データから、最適なシグナル処理、ベースコール、シーケンスアライメントそして変異解析を含むデータ解析結果まで、幅広いツールを提供します。ランの完了後、シーケンスデータは右クリックで簡単にダウンロードできます。レポートの閲覧も簡単で、拡大可能な解析プロットや重要な結果がまとめられた分かりやすい表により、高品質なシーケンスランであるかを確認できます。
Torrent Browser Plugin Store は、Torrent Suite ソフトウェアユーザーに、シンプルでワンストップなブラウジングと、Torrent サーバーの解析機能を拡張する対象プラグインの高速インストールを提供します。プラグインは、細菌のリシーケンシング、 de novo アセンブリー（AssemblerSPAdes）、その他さまざまなアプリケーションに利用できます。
本ソフトウェアは、簡単なデータ共有を可能にするために、個人または分散したワーキンググループ（クライアント／サーバーモデル）での使用を想定してデザインされています。
本ソフトウェアが、お客様のデータ解析をどのようにシンプル化できるのか、詳細はこちら 。
細菌のタイピング研究に関するアプリケーションノート、論文および出版物
出版物
Ion Torrent シーケンシングは、細菌やウイルスタイピング研究、メタゲノミクス、そして未知微生物の発見といった微生物シーケンシングに関する 900 以上の査読論文に引用されています。
Rapid High Resolution Genotyping of Francisella tularensis by Whole Genome Sequence Comparison of Annotated Genes (“MLST+”). Antwerpen MH (2015) PLoS ONE 10(4): e0123298. doi:10.1371/journal.pone.0123298
A genome-based identification approach for members of the genus Bifidobacterium. Ferrario et al.FEMS Microbiol Ecol.2015 Mar;91(3). pii: fiv009. doi: 10.1093/femsec/fiv009.Epub 2015 Jan 27.
Ion Torrent Personal Genome Machine sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information. Vogel et al.(2012) J Clin Microbiol JCM.00038-12 [pii];10.1128/JCM.00038-12 [doi].
Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria. Larsen et al.(2012).J Clin Microbiol.JCM.06094-11 [pii];10.1128/JCM.06094-11 [doi].
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.