简化您的发现应用的生物信息学路径

Ion Reporter™ 解决方案可帮助您扫除 NGS 数据分析的障碍,让您可以集中精力发现自己的数据的生物学意义。

访问 Ion Reporter 软件

Ion Reporter™ 软件是由可简化 Ion S5™、Ion S5™ XL、Ion PGM™ 和 Ion Proton™ 系统数据分析的简单数据分析工具组成的优化组合包,让您可以集中精力发现自己的数据的生物学意义,无需花费太多精力配置和设置软件。

轻松为各类研究应用进行数据分析

  • 按钮式数据分析功能,易用的预配置和自定义工作流程,可为任意经验水平的用户提供所需的灵活性
  • 通过来自>20 个公共和专属数据库的注释,轻松确定相关变异

通过优化的工作流程和用户工具,快速获得结果

  • 通过简单的结果过滤,快速聚焦您的目标变异。之后可保存过滤设置,用于标准化的工作流程
  • 优化的工作流程,有助于加速获得研究结果
  • Ion AmpliSeq 靶向基因 Panel 让您可以在一天内从样本获得变异数据
  • 用于活检的 Ion Torrent Oncomine cfDNA 检测试剂盒让您可以在两天内从样本获得变异数据

保障您的数据安全

  • 基于登录身份的访问权限控制,锁定的工作流程,以及审核日志,有助于维持可追溯、安全的环境。
  • 通过 Thermo Fisher Cloud 分析和安全分享数据,通过本地 Ion Reporter™ 服务器系统现场分析和存储数据

Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件

将 Ion Reporter 软件整合到 Thermo Fisher Cloud 平台上,有助于提供便利的集中式数据分析和管理解决方案。在 Ion Reporter 软件之外的 ThermoFisher Cloud 上与同事安全分享您的数据,轻松比较通过 Sanger 测序和 TaqMan™ 实时荧光定量 PCR 检测等基因分析技术获得的数据,一切功能集于一身。

为访问 Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件,只需登录 Ion Reporter 软件或登录 Thermo Fisher Cloud 并选择 Ion Reporter 应用程序。

了解有关 Thermo Fisher Cloud 的更多信息

Ion Reporter 数据分析工作流程

1导入
Ion Reporter Software

(采用 Ion Reporter™Uploader 插件)从 Ion S5、Ion S5 XL、Ion PGM™ 和 Ion Proton™ Torrent 服务器向云端或本地的 Ion Reporter™ 服务器自动传输测序数据。

2分析
annotated variants for SNPs, indels, and CNVs

使用针对一系列应用优化的预配置工作流程或创建自定义工作流程,确定诸如 SNP、indels、CNV 和基因融合等变异。

3注释和
过滤

Ingenuity Variant Analysis

采用 20 多份公共和专属数据集充分注释您的变异,或上传您自定义的注释,然后根据功能和生物学相关性进行过滤,聚焦您的目标变异。

4可视化
visualize


通过 IGV 可视化变异,或通过一系列交互热图 或韦恩图选项轻松比较样本间的变异。

浏览实例:
变异影响热图›

16S 宏基因组工作流程饼状图›

韦恩图›

5报告/导出

选择相关变异并创建解释性研究报告,或将变异导出为电子数据表、VCF 或文本格式以便进一步研究。此外,确定目标变异的互补性 CE 和 TaqMan 检测方法。

Ion Reporter™ 软件提供了针对不同应用优化的预配置自定义工作流程,可简化数据分析,帮助您获得最佳的结果。

单/双样本分析

确定一份样本与参考基因组的区别,探索两份样本的变异差异。

遗传性研究 Trio 分析

探索一个家族内的变异。

查看应用说明 ›

非整倍性分析

从单个低覆盖度全基因组样本检测非整倍性和大染色体异常。
了解更多 ›

基因融合分析

检测和注释 Ion AmpliSeq™ RNA Lung Fusion Panel 和定制设计的已知和新型基因融合。
了解更多 ›

生殖健康

通过来自于单个或多个细胞的 DNA,在胚胎植入前检测所有 24 个染色体的整倍性。 
了解更多 ›

肿瘤学—免疫肿瘤学

评估参与肿瘤免疫互作(包括炎症信号传导)的基因的 RNA 表达水平。
了解更多 ›

肿瘤-正常研究比较分析

采用先进的统计学方法确定体细胞突变。

拷贝数变异分析

通过 Ion AmpliSeq™ 工作流程自动确定拷贝数变异 (CNV)。
了解更多 ›

仅注释(仅分析)

上传现有 VCF 文件,并通过来自>20 个公共数据库的注释确定生物相关性变异。

16S 宏基因组分析

采用来自于 MicroSEQ™ DB 和 GreenGenes 的参考内容,测定 1 份或多份 16S 样本的微生物多样性。
了解更多 ›

肿瘤学实体肿瘤

通过低至 10 ng 的起始 DNA 或 RNA,检测来自于 FFPE 或细针穿刺样本的变异。 
了解更多 ›

外显子组

确定基因编码区的体细胞和生殖细胞基因变异。 
了解更多 ›

立即免费使用

通过预先载入的演示版人类外显子组、16S 宏基因组等数据集,您可采用 Ion Reporter 软件作为测试驱动程序。为访问基于 Thermo Fisher Cloud 的平台,只需通过您的网页账户用户名和密码登录即可。

现在开始

Ion Reporter™ 软件是由可简化 Ion S5™、Ion S5™ XL、Ion PGM™ 和 Ion Proton™ 系统数据分析的简单数据分析工具组成的优化组合包,让您可以集中精力发现自己的数据的生物学意义,无需花费太多精力配置和设置软件。

轻松为各类研究应用进行数据分析

  • 按钮式数据分析功能,易用的预配置和自定义工作流程,可为任意经验水平的用户提供所需的灵活性
  • 通过来自>20 个公共和专属数据库的注释,轻松确定相关变异

通过优化的工作流程和用户工具,快速获得结果

  • 通过简单的结果过滤,快速聚焦您的目标变异。之后可保存过滤设置,用于标准化的工作流程
  • 优化的工作流程,有助于加速获得研究结果
  • Ion AmpliSeq 靶向基因 Panel 让您可以在一天内从样本获得变异数据
  • 用于活检的 Ion Torrent Oncomine cfDNA 检测试剂盒让您可以在两天内从样本获得变异数据

保障您的数据安全

  • 基于登录身份的访问权限控制,锁定的工作流程,以及审核日志,有助于维持可追溯、安全的环境。
  • 通过 Thermo Fisher Cloud 分析和安全分享数据,通过本地 Ion Reporter™ 服务器系统现场分析和存储数据

Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件

将 Ion Reporter 软件整合到 Thermo Fisher Cloud 平台上,有助于提供便利的集中式数据分析和管理解决方案。在 Ion Reporter 软件之外的 ThermoFisher Cloud 上与同事安全分享您的数据,轻松比较通过 Sanger 测序和 TaqMan™ 实时荧光定量 PCR 检测等基因分析技术获得的数据,一切功能集于一身。

为访问 Thermo Fisher Cloud 上的 Ion Reporter 软件,只需登录 Ion Reporter 软件或登录 Thermo Fisher Cloud 并选择 Ion Reporter 应用程序。

了解有关 Thermo Fisher Cloud 的更多信息

Ion Reporter 数据分析工作流程

1导入
Ion Reporter Software

(采用 Ion Reporter™Uploader 插件)从 Ion S5、Ion S5 XL、Ion PGM™ 和 Ion Proton™ Torrent 服务器向云端或本地的 Ion Reporter™ 服务器自动传输测序数据。

2分析
annotated variants for SNPs, indels, and CNVs

使用针对一系列应用优化的预配置工作流程或创建自定义工作流程,确定诸如 SNP、indels、CNV 和基因融合等变异。

3注释和
过滤

Ingenuity Variant Analysis

采用 20 多份公共和专属数据集充分注释您的变异,或上传您自定义的注释,然后根据功能和生物学相关性进行过滤,聚焦您的目标变异。

4可视化
visualize


通过 IGV 可视化变异,或通过一系列交互热图 或韦恩图选项轻松比较样本间的变异。

浏览实例:
变异影响热图›

16S 宏基因组工作流程饼状图›

韦恩图›

5报告/导出

选择相关变异并创建解释性研究报告,或将变异导出为电子数据表、VCF 或文本格式以便进一步研究。此外,确定目标变异的互补性 CE 和 TaqMan 检测方法。

Ion Reporter™ 软件提供了针对不同应用优化的预配置自定义工作流程,可简化数据分析,帮助您获得最佳的结果。

单/双样本分析

确定一份样本与参考基因组的区别,探索两份样本的变异差异。

遗传性研究 Trio 分析

探索一个家族内的变异。

查看应用说明 ›

非整倍性分析

从单个低覆盖度全基因组样本检测非整倍性和大染色体异常。
了解更多 ›

基因融合分析

检测和注释 Ion AmpliSeq™ RNA Lung Fusion Panel 和定制设计的已知和新型基因融合。
了解更多 ›

生殖健康

通过来自于单个或多个细胞的 DNA,在胚胎植入前检测所有 24 个染色体的整倍性。 
了解更多 ›

肿瘤学—免疫肿瘤学

评估参与肿瘤免疫互作(包括炎症信号传导)的基因的 RNA 表达水平。
了解更多 ›

肿瘤-正常研究比较分析

采用先进的统计学方法确定体细胞突变。

拷贝数变异分析

通过 Ion AmpliSeq™ 工作流程自动确定拷贝数变异 (CNV)。
了解更多 ›

仅注释(仅分析)

上传现有 VCF 文件,并通过来自>20 个公共数据库的注释确定生物相关性变异。

16S 宏基因组分析

采用来自于 MicroSEQ™ DB 和 GreenGenes 的参考内容,测定 1 份或多份 16S 样本的微生物多样性。
了解更多 ›

肿瘤学实体肿瘤

通过低至 10 ng 的起始 DNA 或 RNA,检测来自于 FFPE 或细针穿刺样本的变异。 
了解更多 ›

外显子组

确定基因编码区的体细胞和生殖细胞基因变异。 
了解更多 ›

立即免费使用

通过预先载入的演示版人类外显子组、16S 宏基因组等数据集,您可采用 Ion Reporter 软件作为测试驱动程序。为访问基于 Thermo Fisher Cloud 的平台,只需通过您的网页账户用户名和密码登录即可。

现在开始

Ion Reporter 服务器系统

Ion Reporter™ 服务器系统 将 Ion Reporter 软件和强大的计算机服务器这两个独立组件配对组合,组成一套您内部使用的综合解决方案。

  • 维持可控的安全环境,本地访问具有稳定的数据安全标准的服务器
  • 控制软件版本并更新您的时间线
  • 通过快速上传和分析,加速您的临床研究
  • 访问与云端版本相同的软件和工作流程

浏览 Ion Reporter 服务器彩页 ›

在 15 TB 的可用存储空间内存档数据

Ion 芯片 存储容量(运行次数)
Ion 314™ 芯片 20,000
Ion 316™ 芯片 10,000
Ion 318™ 芯片 4,000
Ion 510™ 芯片 4,000
Ion 520™ 芯片 2,000
Ion 530™ 芯片 1,000
Ion 540™ 芯片 444
Ion PI™ 芯片 400

Ion PGM、Ion S5、Ion S5 XL 和 Ion Proton 测序仪的运行次数可存储在 Ion Reporter 服务器上。假定文件大小为 1 GB(Ion 314 芯片)、 2 GB (Ion 316 芯片)、5 GB(Ion 318 芯片)、5 GB(Ion 510 芯片)、10 GB(Ion 520 芯片)、20 GB(Ion 530芯片)、45 GB(Ion 540 芯片)和 50 GB(Ion PI 芯片)。

快速找到您探索的生物学意义

在 Ion Reporter 服务器上注释一个外显子大小的 VCF(变异检出格式)文件、运行不同规格的 Ion AmpliSeq™ Panel 的完整分析的分析运行时间实例。谱图:将原始读段与参考基因组重新比对;变异检出:与参考基因组比对,识别变异;统计:生成谱图、覆盖度和 QC 统计结果;注释:采用一系列公共资源通告发现的变异。分析运行时间相当于 Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 的几十个变异、Ion AmpliSeq™ Comprehensive Cancer Panel 的几千个变异,以及 Ion AmpliSeq™ Exome Panel 的几万个变异。

Ion Reporter 服务器上的 Partek Flow 软件

除 Ion Reporter 软件外,Ion Reporter 服务器系统还作为主机管理用于 RNA 测序数据分析的第三方软件 Partek™ Flow。 在 Ion Reporter 软件并排管理下,Partek Flow 软件使您可以通过预配置的 Ion Torrent™ 验证全转录组和小 RNA 数据分析流程(专门针对 Ion Proton 测序数据进行了优化)进行简单的 RNA 测序数据分析。

详细了解 Partek Flow 软件和转录组测序 ›

其他资源

有关 Ion Community 之前提供的产品更新、培训和其他资源,请参阅下表。 

访问我们的“Behind the Bench 博客,阅读有关 NGS 生物信息学的博文。采用 Ion Reporter 软件进行的数据分析博文实例:

注意:Hosted Data Storage 包括了基于云端的 Ion Reporter 软件数据分析和存储功能。